La chiesa parrocchiale di Rapagnano è intitolata a San Giovanni Battista.
L'attuale aspetto architettonico si deve all'unione di due luoghi sacri preesistenti, quelli di San Giovanni e dei SS.Maria e Severino, avvenuta nei primi anni del XIX secolo (1808).
Svetta sulla facciata sobria e graziosa il campanile; l'ingresso si apre sulla cella inferiore della torre campanaria, dove è collocata un'iscrizione di caratteri gotici, in onore del figlio prediletto di Rapagnano, il pontefice Giovanni XVII, eletto nel 1003.
La decorazione pittorica interna fu opera di Attilio Tentoni, allievo di Luigi Fontana nei primi anni del Novecento, vi è inoltre conservata, presso un altare, in una teca, la veneratissima reliquia della mano destra del Battista, giunta nel piccolo borgo nel corso del Trecento.
Nel 1999 vi è stato allestito un Museo Parrocchiale, che espone dipinti, oggetti d'arte e sculture provenienti dalle chiese del paese e dalle località limitrofe: tra le opere più significate spiccano tre pale d'altare del XVI secolo di Carlo Ridolfi, artista veneto, e una Madonna con il Bambino del XVII secolo attribuita alla scuola del celebre Carlo Maratta.