Nasce a Cellino nel 1485, figlio terzogenito di Andrea Matteo III, e di Isabella Piccolomini d'Aragona. Allo scoppio della rivolta ad Atri del 1504 contro suo padre che fu catturato, riuscì a fuggirei trovando rifugio nel sicuro castello natale di Cellino, per poi spostarsi a Ripatransone, nelle Marche. Con la liberazione del Duca Andrea Matteo III, tutti i feudi furono ripartiti nel 1511 con i suoi fratelli, Giovanni Antonio Donato acquisì i castelli di Gioia, Casamassima, Cassano e Acquaviva, con il titolo di Conte di Gioia. Non propriamente un uomo di armi e d'azione, accettò anche la dominazione spagnola, rimanendone fedele dopo il Trattato di Lautrec stipulato nel 1528 a favorevole all'Imperatore Carlo V. Cooperò comunque alla difesa di Taranto sia con la partecipazione personale alle operazioni militari, sia con un contributo finanziario di 13000 ducati. Dopo la morte del fratello maggiore Gian Francesco, del padre Andrea Matteo e la successiva ribellione di suo nipote Giulio Antonio Conte di Conversano, rimane unico erede del cospicuo patrimonio della famiglia Acquaviva. Riuscì dopo anni a vincere una difficile e costosa battaglia con il fisco ed a vedere riconosciuti i propri diritti, divenne quindi il legittimo Duca di Atri e Conte di Conversano. Altri fatti d'arme che lo riguardarono, come la difesa del castello di Cellino, contro Ascanio Colonna alle dipendenze di Carlo V, e l'approntamento difensivo di Conversano in previsione di un attacco da parte dell'esercito turco. Ma la sua attività prediletta erano le arti continuando quindi la tradizione del padre e dello zio, attento conoscitore della musica e della lingua latina, curò a Napoli nel 1526 la traduzione di opere di Plutarco. Dalla moglie Isabella Spinelli di Canati ebbe ben tredici figli tra cui il famoso Claudio. Si spense nel settembre del 1554.