All'interno della Chiesa di San Pietro si trova il sito dei Musei Sistini.
Nella sala si possono ammirare una scultura lignea raffigurante San Pietro con la lavorazione a sfoglia dorata di scuola dell'Italia centrale del XV secolo, e un coro ligneo attribuito ad Apollonio da Ripatransone, del 1488. Sul muro è appesa una croce penitenziale con riferimenti della settimana santa, databile al XIX secolo ed appartenuta alla congregazione maschile attiva a Castignano fino al 1958.
Nella prima vetrina nella parte superiore fanno bella mostra crocefissi di vario genere; spicca su tutti un bellissimo Cristo in argento, lavorato della bottega orafa del Vannini nel XV sec.
Nella parte inferiore troviamo navicelle, turiboli e reliquiari in argento di stili differenti tra il 1700 e il 1750.
Uno dei reliquiari, quello che il dizionario artistico definisce a "braccio", conserva le reliquie di San Egidio.
L'ultima sala espositiva offre busti contenenti le reliquie dei Santi Pietro e Paolo, lavorati a sfoglia dorata. Altre due figure, di San Antonio e San Luigi Gonzaga, presentano la forma della lavorazione a "mecca", quindi argentata.
Nel reparto successivo ottimi esempi di calici e pissidi finemente cesellati, che attestavano il valore delle chiese Castignanesi.
Altro oggetto significativo è un repositorio del primo 1800, opera di Sante Morelli e bottega, magnificamente adornato di fregi dorati e simboli spirituali.