Cenni storici datati che iniziano dal 1290, attestano che la chiesa di San Prospero era una della cappelle dipendenti di San Marco a Ponzano.
Le prospettive architettoniche e il suo portale ad arco acuto attribuiscono una possibile datazione del luogo sacro tra il XIII e il XIV secolo.
Nei secoli successivi furono apportati lavori di ristrutturazione, evidenti nel portale principale con il suo doppio sistema ad arco, ed altre contestualizzaziono architettoniche.
Alcuni restauri avvennero tra il Cinquecento e il Seicento.
Attualmente è chiusa al pubblico.