Fino a qualche tempo fa la si vedeva ridotta a rudere, una recente ristrutturazione però ha salvato i pochi resti dalla distruzione.
La si vede percorrendo la strada provinciale che attraversa la cittadina a Nord, poco prima di entrare alla grande piazza del mercato, le prime notizie ci giungono dal 1413 quando l'edificio era stato da poco completato ed il vescovo di Teramo, gli concede l'indulgenza per i suoi visitatori. Prende il nome dalla confraternita dei "Flagellati" che qui aveva sede.
Nel 1506 vengono uniti alla chiesa anche i benefici di San Salvatore in Trifizio, esistente nei pressi dell'attuale contrada a Ovest di Castelnuovo, dove poi sorse nel 1579 convento dei cappuccini.
Nel 1539 viene fondato ad opera del municipio, all'epoca definito "Università", un convento femminile di regola benedettina che viene allestito occupando la chiesa e gli ambienti proprietà della confraternita, andando ad impiegare anche alcune case limitrofe. Sempre la comunità lo mette sotto la protezione del monastero celestiniano di Sant'Onofrio che sorgeva a poca distanza; Suor Maria Francesca Maccabei di Campli, residente nel convento ascolano di Santa Maria delle Donne, viene chiamata a ricoprire la carica di badessa.
Margherita d'Austria, moglie di Ottavio Farnese, in visita ai suoi feudi nel 1542, passando anche qui lascia alla chiesa ricche elemonsine. La subordinazione delle monache ai celestiniani non trovava il favore del vescovo che l'anno seguente, durante la visita diocesana, vieta alle religiose di riconoscere l'autorità del priore di Sant'Onofrio ed inoltre, reclama la chiesa come sua. La comunità monastica farà ricorso alla Santa Sede che nel 1548, dà ragione al porporato che ne assume la guida.
Il converto sarà sempre piuttosto povero e si reggeva spesso sulle donazioni di Margherita d'Austria che nel 1561, continuava con le cospicue elemosine, ma l'anno seguente vediamo l'Università supplicare la duchessa per la consueta donazione annua alle monache. Nel 1600 viene fondata la nuova diocesi di Campli e Ortona su pressione dei Farnese, ritagliando il suo territorio tra quelle di Teramo e di Montalto delle Marche; rimasta ancora legata alla chiesa, nel 1609 la confraternita troverà una nuova sistemazione nella scomparsa chiesa di San Benedetto. Riceve la cospicua eredità della nobile famiglia Tosti dopo la metà del XVII quando il capitano Sinibaldo, muore senza discendenza e tutto l'asse patrimoniale viene incamerato dalla sorella Maria Maddalena, monaca nel convento.
Grazie ad una comunità abbastanza numerosa contando ben quattordici religiose, si salva dalla soppressione napoleonica del 1811.
Abbandonato e ridotto a rudere, agli inizi del XXI secolo si decide di restaurarlo ed i lavori iniziano nel 2015. A causa del terremoto del 2016, che aveva reso inagibili gran parte dei luoghi sacri cittadini, viene riaperta alle celebrazioni col trasferimento dalla Cattedrale della statua della Madonna Immacolata.
Quello che rimane dell'antica struttura conventuale è solo la chiesa riconducibile alla ricostruzione cinquecentesca e di non grandi dimensioni, è costituita con materiali vari: in prevalenza da conci di pietra arenaria, pietre di fiume e mattoni. Si conserva parte della facciata col portale al centro, sormontato da un timpano triangolare ed affiancato su ogni lato da due coppie di robuste lesene, mancanti della parte superiore, sul lato sinistro si nota una pietra lavorata, forse contente un'iscrizione.
Entrando si passa sotto una cantoria in mattoni privata dal tempo dell'intonaco e delle eventuali decorazioni, come anche il resto dell'edificio, sulle navate vi sono i resti delle strutture dei due altari laterali, quello a destra con avanzi di statue; entrambi mostrano una nicchia ma quella di sinistra conserva parte di un affresco. Ancora meno resta dell'altare centrale, dietro di esso si trovavano le monache che da qui ascoltavano la messa senza trasgredire alla clausura, due piccole finestrelle ai lati ed i resti in pietra di altre aperture al centro, permettevano la comunicazione dei due ambienti.
La nuova sistemazione ha previsto una copertura sostenuta da una struttura in travi d'acciaio eretta all'interno del perimetro murario, permettendo una netta distinzione tra la parte antica e quella moderna, le parti mancanti sono state ripristinate con inserti in legno. Oggi è utilizzato come auditorium.