La chiesa di San Francesco, iniziata nel secolo XIII in forme gotiche, ma terminata soltanto tre secoli più tardi, ha una facciata tardo trecencesca.
La basilica, dedicata a San Giovanni Battista, ma comunemente chiamata San Francesco, fu iniziata nel 1285 e consacrata nel 1371. I lavori della fabbrica vennero ripresi nel 1443 e nel 1451. La torre verso Piazza del Popolo venne completata solo nel 1461, preceduta dall'innalzamento di quella verso il chiostro, costruita da Matteo de Roberti, sulla cui sommità c'è il famoso “fallo della discordia”.
La facciata principale delle chiesa di San Francesco si apre su via Trivio ed è interamente composta da blocchi squadrati di travertino.
Ai lati dell’ingresso due differenti leoncini stiliformi sorreggono colonnine sulla cui sommità sono poste delle statue di santi dell’Ordine Francescano.
Nello spazio superiore della facciata si apre un oculo, e lungo il perimetro absidale dell'edificio sono presenti sedici finestroni bifori gotici chiusi da vetri policromi.
Il portale gotico in travertino afferente a Piazza del Popolo, fu realizzato presumibilmente agli inizi del secolo XVI su disegno di Cola dell'Amatrice.
Sul lato Est della chiesa, nella via del Trivio, addossato all'edificio e aperto sulla strada, c’è il chiostro maggiore ultimato nel 1623, che da accesso anche a quello minore.
L'interno è a croce latina con tre navate suddivise da dieci pilastri ottagonali che sorreggono archi gotici e volte romaniche. Il pulpito in travertino realizzato tra il 1605 e il 1607 da Antonio Giosafatti, è di forte impatto visivo.
La sagrestia conserva notevoli opere d’arte, tavole e dipinti. Pregevoli sono gli armadi in noce del Settecento. In particolare si deve ricordare il dono di Nicolo IV ai Francescani: il reliquiario cruciforme in rame sbalzato. Nel refettorio ci sono cinque affreschi staccati attribuiti a Cola dell’Amatrice, con le scene del Vecchio Testamento.

Dott.ssa Letizia Ferracuti